辐鳍鱼纲 (16144)
鲈形目
金眼鲷目
鲱形目
海鲂目
鲻形目
鲀形目
胡瓜鱼目
灯笼鱼目
鳕形目
鲽形目
蟾鱼目
鲉形目
巨口鱼目
裸背鱼目
银汉鱼目
背棘鱼目
狗鱼目
鲸口鱼目
喉盘鱼目
月鱼目
鼬鱼目
雀鳝目
海龙目
鼠鱚目
鲤形目
仙女鱼目
棘背鱼目
奇鲷目
辫鱼目
鳗鲡目
骨舌鱼目
鳉形目
鲟形目
海鲢目
鲑鲈目
鮟鱇目
囊鳃鳗目
北梭鱼目
鲑形目
弓鳍鱼目
脂鲤目
多鳍目
鲇形目
合鳃目
颌针鱼目
须鳂目
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琥珀斯氏脂鳚(Starksia sangreyae)
海洋 底中水层性, usually 1 - 2 m .
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琉璃石斑鱼(Epinephelus poecilonotus)
海洋; 半咸淡水 礁区鱼类; 深度上下限 45 - 375 m . 热带; 39°N - 35°S, 23°E - 179°W 砂泥底、近海沿岸 主要栖息于较深之岩礁区，栖息深度在45-375公尺间。雌鱼在标准体长约35公分时成熟。以鱼类、甲壳类及软体动物为食。
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琉球鳂(Plectrypops retrospinis)
海洋 礁区鱼类; 深度上下限 ? - 22 m . 热带; - 24°S
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琉球香鱼(Plecoglossus altivelis ryukyuensis)
海洋; 淡水; 半咸淡水 居于水底的; 非产卵性溯降河的 . 温带
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琉球钝塘鳢(Amblyeleotris masuii)
海洋 居于水底的; 深度上下限 12 - 35 m . 亚热带的
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琉球角鲂鮄(Pterygotrigla ryukyuensis)
海洋 居于水底的; 深度上下限 ? - 500 m . 深水域 深海、砂泥底、近海沿岸 主要栖息于砂泥底水域。
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琉球群岛裸叶虾虎(Lubricogobius dinah)
海洋 礁区鱼类; 深度上下限 10 - 36 m . 亚热带的
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琉球盘孔喉盘鱼(Discotrema crinophilum)
海洋 礁区鱼类; 深度上下限 8 - 20 m . 热带 礁区、近海沿岸 主要栖息于遮蔽的岸礁，从水浅的礁石平台到大约 20 公尺深度的斜坡或礁壁。常被发现于海百合类动物的枝臂中。
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琉球海鼬鱼(Alionematichthys riukiuensis)
海洋 礁区鱼类; 深度上下限 0 - 10 m . 热带 礁区、近海沿岸 主要栖息于珊瑚礁区，生态习性不甚清楚。
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琉球棘鲷(Acanthopagrus chinshira)
海洋. 近海沿岸
